技术简介
用核糖体与 mRNA 的蔗糖梯度分离收集不同大小的多聚核糖体复合物后测序,按沉降系数归类比较,解析核糖体占位分布;RNC-seq 则通过交联富集核糖体结合的 RNA,获得更完整的翻译相关转录本视图。
翻译组学 · Translatomics
用核糖体与 mRNA 的蔗糖梯度分离收集不同大小的多聚核糖体复合物后测序,按沉降系数归类比较,解析核糖体占位分布;RNC-seq 则通过交联富集核糖体结合的 RNA,获得更完整的翻译相关转录本视图。
用核糖体与 mRNA 的蔗糖梯度分离收集不同大小的多聚核糖体复合物后测序,按沉降系数归类比较,解析核糖体占位分布;RNC-seq 则通过交联富集核糖体结合的 RNA,获得更完整的翻译相关转录本视图。
特定 mRNA 的核糖体占位与翻译状态分析;翻译效率变化的粗筛与验证;核糖体相关蛋白的功能定位;多组学联合中的翻译层证据补充。
总 RNA,细胞系与组织样本。
多聚核糖体组分分离曲线、基因层面占位定量、差异翻译转录本统计、原始数据与报告。
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同组学的其他 6 项服务,可按课题组合设计。
用核糖体与 mRNA 交联后消化核糖体,收集核糖体保护片段建库测序。读段位置对应密码子,可计算每个基因的翻译效率,并推断密码子偏好与翻译停滞位点。
在核糖体印迹基础上通过特定酶切策略富集核糖体碰撞形成的二聚体(disome)信号,碰撞强度反映翻译停滞与核糖体排队,从而区分停滞与无义介导降解等下游命运。。
直接对翻译相关的 RNA 分子做长读长测序,跨越可变剪接位点与 poly(A) 尾,读长既可用于异构体层面的表达定量,也可结合核糖体关联信息解析异构体特异的翻译调控。。
专门针对 tRNA 与其衍生片段(tsRNA/tRF)建库测序,可同时获得转录本全长序列、序列修饰特征与末端丰度分布;Charged tRNA 分析进一步区分已负载氨基酸与未负载的 tRNA,反映翻译机器的实际可用池。。
在反转录过程中对 poly(A) 尾进行测序,测定每个转录本尾部长度与末端序列分布,并可结合长读长构建全长转录本视图,直接反映 mRNA 稳定性与翻译起始效率。。
以长读长或高灵敏质谱为核心,结合 Ribo-seq 与翻译组数据,在同一批样本上联合解析新翻译事件,把非经典 ORF、框架内 ORF 与小肽序列与抗原肽段进行交叉比对。。
提供课题背景与样本信息,我们给出技术路线建议、样本要求确认与交付清单。